A unidade de investigação Centro de Investigação em Química da Universidade do Porto, CIQ(U.P.), tem as suas raízes em 1964, quando foi criado o chamado “Núcleo de Investigação em Química Orgânica”, financiado pela agência nacional de investigação, o Instituto de Alta Cultura. Dois anos mais tarde, em 1966, foi criado um Projeto de Química de Coordenação, seguido, em 1970, pelo início da investigação em Química Teórica. Estas três unidades base de investigação foram organizadas em 1972 nos chamados “Projectos de Edital”, que deram origem aos projetos designados PQ1, PQ2 e PQ3. Com a criação, em 1975, da nova agência governamental de investigação INIC, a investigação no Departamento de Química da Universidade do Porto foi reorganizada e a unidade de investigação CIQ(U.P.) foi formalmente criada em 1975 com seis grupos de investigação (Síntese Orgânica, Química de Radicais Livres, Química de Coordenação, Química Analítica, Termoquímica e Química Teórica), aos quais se juntou um novo grupo (Eletroquímica) em 1989. 



Desde então ocorreram várias transformações na organização da investigação no Departamento de Química da Faculdade de Ciências, a mais recente das quais em 1994, quando o CIQ(U.P.) deu origem a dois novos centros de investigação no Departamento: o chamado CEQUP (mais tarde uma unidade do Laboratório Associado REQUIMTE) e o LAQUIPAI.

O mérito da Unidade de Investigação, avaliado pelo trabalho desenvolvido e pelas suas publicações científicas, é reconhecido pelo prestígio internacional de alguns dos seus Grupos de Investigação, sobretudo os grupos de Energética Molecular e de Eletroquímica, pelas colaborações nacionais e internacionais estabelecidas, pelos projetos de investigação internacionais que atraiu, bem como pela classificação de “Excelente” atribuída pelos dois últimos painéis internacionais de avaliação científica nomeados pela FCT-MCTES (Fundação para a Ciência e a Tecnologia – Ministério da Ciência e Tecnologia).