O CIQUP está envolvido nos seguintes programas doutorais:
- Programa Doutoral em Contaminação e Toxicologia Ambientais
- Programa Doutoral em Química
- Programa Doutoral em Media Digitais
- Programa Doutoral em Ciências e Tecnologia do Ambiente
- Programa Doutoral em Ciências Forenses
- Programa Doutoral em Química de Materiais
- Programa Doutoral em Bioquímica e Biofísica Médicas
- Programa Doutoral em Segurança e Saúde Ocupacionais
- Programa Doutoral em Ciências Farmacêuticas
- Programa Doutoral em Química Sustentável
- Programa Doutoral em Ensino e Divulgação das Ciências
Uma vez que a unidade de I&D está sediada na Faculdade de Ciências da Universidade do Porto, existe uma forte cooperação com os programas doutorais da Universidade do Porto.
Membros do CIQUP integram a Paul Ehrlich MedChem Euro-PhD Network, uma colaboração entre mais de 25 universidades europeias que tem como objetivo promover a formação e a investigação de estudantes de pós-graduação em Química Medicinal.